Presidentinvaalit vuoden 1956 alussa olivat äärimmäisen jännittävät. J.K. Paasikivi oli vielä vuonna 1955 Neuvostoliiton ilmoituksen mukaan sopivin henkilö jatkamaan presidenttinä, mutta mikään puolue ei korkean iän vuoksi asettanut häntä ehdokkaakseen. Pääehdokkaina olivat viisinkertainen pääministeri, maalaisliiton Urho Kekkonen, sosiaalidemokraattien K.-A. Fagerholm ja kokoomuksen Sakari Tuomioja. Vaali ratkesi monien vaiheiden jälkeen valitsijamiesten äänestyksessä Kekkosen hyväksi yhdellä äänellä.

Taloudellinen tilanne ei ollut ratkaisevasti parantunut, mutta hintojen ja palkkojen säännöstelystä silti luovuttiin vuoden 1955 kuluessa. Maataloustuottajien hinnankorotusten ja toisaalta teollisuustyöväen palkkavaatimusten tultua torjutuiksi alkoi yleislakko 1. maaliskuuta 1956, samana päivänä kun uusi presidentti aloitti virkakautensa. Lakon sovittelu osoittautui vaikeaksi, ja kolme viikkoa kestäneen työtaistelun jälkeen saadut palkankorotukset johtivat uuteen inflaatiokierteeseen.

Sisäpoliittinen tilanne pysyi lähivuosina epävakaana. Siihen myötävaikutti sosiaalidemokraattisen puolueen hajoamisen, kommunistien vahvistumisen ja Kekkosen vastaisen mielialan ohella myös kiristynyt kansainvälinen tilanne. Hallitukset olivat lyhytikäisiä ja poliittiselta voimaltaan heikkoja. Vuoden 1958 lopulla koettiin myös Neuvostoliiton tyytymättömyydestä aiheutunut, “yöpakkasiksi” kutsuttu kriisivaihe, jonka ratkaisu presidentti Kekkosen henkilökohtaisilla toimilla ei suinkaan rauhoittanut sisäpoliittisesti rikkinäistä tilannetta. “Paasikiven linjaa” täydentänyt “Kekkosen linja” alkoi toimia idänsuhteissa, mutta kotimaassa Kekkosella oli paljon vastustajia.

Suomen turvallisuuspoliittinen asema selkeytyi Porkkalan tukikohdan palautuksen ja YK-jäsenyyden myötä jopa siinä määrin, että Neuvostoliiton johto luonnehti keväällä 1956 Suomea puolueettomaksi maaksi. Kuitenkin Unkarin kansannousun ja Suezin kriisin vuoksi syksyllä 1956 kiristynyt kansainvälinen tilanne vaikeutti jälleen Suomen asemaa. Myös vuonna 1958 kärjistynyt suurvaltojen kiista Berliinistä heijastui koko Itämeren alueelle.

Kylmän sodan asetelmaan liittyneet sotilaalliset uhkat koettiin tuolloin Suomessakin merkittäviksi, mutta toisaalta taloudelliset ja poliittiset olosuhteet eivät suosineet maanpuolustuksen tehostamistoimia. Porkkalan palautus paransi kuitenkin selvästi puolustuksen edellytyksiä, joskin se toi myös lisää vastuita merivalvonnan ja rannikkopuolustuksen alalla. Kokonaismaanpuolustuksen kehittäminen vauhdittui 1950-luvun lopulla sekä maanpuolustuksen lainsäädäntötyön että puolustusvoimien kalustohankintojen käynnistymisen myötä. Valmisteluja koordinoimaan perustettiin puolustusneuvosto, joka toimi tasavallan presidentin ja valtioneuvoston apuna.

Euroopan talousyhteisön perustaminen kuuden Länsi-Euroopan maan kesken vuonna 1957 ja sen vastakappaleeksi tai korvikkeeksi tarkoitetun vapaakauppaliiton eli Eftan muodostamishanke pakottivat myös Suomen määrittämään uudelleen suhteensa taloudelliseen integraatioon. Ongelma ratkaistiin lopulta vuonna 1961 liitännäisjäsenyydellä Eftassa ja sopimalla samanaikaisesti idänkaupan jatkuvuuden turvanneista järjestelyistä.

Presidentti Kekkosen uudelleenvalinta lähestyvissä vuoden 1962 vaaleissa ei näyttänyt kovinkaan varmalta, kun sosiaalidemokraatit ja kokoomus päätyivät keväällä 1961 nimeämään yhteiseksi ehdokkaakseen entisen oikeuskanslerin Olavi Hongan. Tilannetta kesällä kiristi uusi Berliinin kriisi, mutta toisaalta Suomen ulkopolitiikalle tärkeä saavutus oli suhteiden vahvistaminen länteen presidentti Kekkosen vierailuilla Isoon-Britanniaan, Kanadaan ja Yhdysvaltoihin.

Presidentin ollessa vierailulla Yhdysvalloissa Neuvostoliitto lähetti 30.10.1961 Suomelle nootin, jossa vedoten kiristyneeseen kansainväliseen tilanteeseen ehdotettiin sotilaallisten neuvottelujen aloittamista yya-sopimuksen pohjalta. Palattuaan kotimaahan presidentti ryhtyi toimiin tilanteen rauhoittamiseksi ja Suomen puolueettomuusaseman vaarantavien neuvottelujen lykkäämiseksi. Asiasta päästiin sopimukseen Kekkosen ja Neuvostoliiton johtajan Nikita Hrushtshevin tapaamisessa Novosibirskissa. Samoihin aikoihin Olavi Honka luopui ehdokkuudestaan. Kriisin jälkitunnelmissa pidetyissä presidentinvaaleissa Kekkonen sai taakseen selvän enemmistön, ja eduskuntavaaleissa maalaisliitto saavutti voiton.

“Noottikriisi” askarrutti kansalaisten mieliä yllättävien vaiheidensa ja erikoisen ratkaisunsa vuoksi sekä pysyi pitkään poliitikkojen ja tutkijoiden kiistelyn kohteena. Nykyisin vallalla olevan käsityksen mukaan Neuvostoliitto pyrki nootilla vaikuttamaan sekä kansainväliseen tilanteeseen että varmistamaan “Paasikiven-Kekkosen linjan” jatkuvuuden Suomen ulkopolitiikassa. Vuoden 1962 alussa näyttikin siltä, että nuo päämäärät saavutettiin, joten välittömät ulkopoliittisten konfliktien aiheet toistaiseksi poistuivat. Presidentti Kekkonen vakiinnutti valtansa, ja hänen johdollaan ryhdyttiin lähivuosina vahvistamaan Suomen puolueettomuuspolitiikan perustaa. Epäluulot eivät kuitenkaan helpolla hälvenneet Kekkosen sisäpoliittisten vastustajien eivätkä myöskään läntisten suurvaltojen johtajien mielistä.