Kesällä 1961 DDR:n johtaja Walter Ulbricht pyysi Neuvostoliitolta apua väestökadon pysäyttämiseksi. Neuvostoliiton johtaja Nikita Hrushtshev yritti painostaa Yhdysvaltojen presidenttiä hyväksymään Berliinille vapaakaupungin aseman DDR:n valtion osana, mutta huonolla menestyksellä.

Elokuun alkuun mennessä noin 50 000 itäsaksalaista siirtyi Berliinin kautta länteen. Neuvostoliiton johto antoi DDR:n viranomaisille luvan ryhtyä valmistelemaan rajan sulkemista.

DDR:n rajajoukot alkoivat 13. elokuuta rakentaa rajaesteitä ja myös muuria Länsi-Berliinin ympärille. Rajan sulkeminen tuli kaupungin asukkaille yllätyksenä, vaikka hankkeesta oli kyllä huhuttu. Länsivallat eivät reagoineet muurin rakentamiseen saatuaan lupauksen, että niiden viranomaisten ja sotilaiden kulkuoikeuksia ei rajoiteta, eikä Berliinin neljän vallan miehityshallintoon muutenkaan kosketa.

Länsi- ja Itä-Berliinin välille elokuussa 1961 rakennettu muuri jakoi kaupungin keskeltä kahtia. Berliinin historiallinen keskusta (Mitte) jäi itäpuolelle. Siellä toimi myös DDR:n valtionhallinto. Kuvassa näkyvät Itä-Berliinin kaupunginosat. Harmaalla väritetyn Länsi-Berliinin hallinto toimi Schönebergin raatihuoneella. Länsi-Berliini ei kuulunut varsinaisesti Saksan liittotasavallan valtioalueeseen vaan muodosti erillisalueen. Liittotasavallan pääkaupunkina oli Bonn.

Itä-Berliinin rajoilla nimikyltit kertoivat, että Berliiniä pidettiin DDR:n pääkaupunkina.

Tilanne Berliinissä pysyi lähikuukaudet kireänä, mutta aseellisilta yhteenotoilta vältyttiin. Vaikka suurvaltojen panssarivaunut lokakuussa seisoivat hetken vastakkain Friedrichstrassen rajanylityspaikalla, muurin rakentaminen vähitellen vakiinnutti vallitsevan tilanteen.

Kriisi laantui vuoden 1962 kuluessa, ja kaupungin asemasta päästiin kohta sopimukseen. Berliini pysyi kuitenkin kriisiherkkänä ongelmana, ja Länsi-Berliinin eristänyt muuri koettiin kylmän sodan näyttävänä symbolina.