Presidentti Kekkosen vierailut Isoon-Britanniaan ja Yhdysvaltoihin vuonna 1961 oli tarkoitettu vahvistamaan kuvaa Suomesta puolueettomuuspolitiikkaa harjoittavana demokraattisena valtiona, jolla on hyvät suhteet sekä itään että länteen. Noottikriisi saman vuoden syksyllä osoitti kuitenkin, että Neuvostoliitto halusi varmistaa kaikin keinoin Suomen pysymisen yya-sopimuksen velvoitteille uskollisena. Oli tarpeen kirkastaa turvallisuuspoliittisen opin perusteita sekä ulkopolitiikan että maanpuolustuksen osalta. Sen vuoksi aloitettiin myös laaja kampanja “puolueettomuuskasvatuksen” tehostamiseksi.

Suomen sisäpoliittinen tilanne vakiintui vuoden 1962 alun vaalien jälkeen, kun puolueet sopeutuivat Kekkosen ja maalaisliiton aseman vahvistumiseen. Sosiaalidemokraattien hajaannus jatkui vielä pari vuotta mutta myös kommunistien vaikutusvalta kaventui. Porvarilliset puolueet asettuivat entistä selkeämmin tukemaan presidentti Kekkosen ulkopolitiikkaa. Lähivuosina hallitukset olivat pääasiassa maalaisliiton johtamia ja muiden porvarillisten puolueiden tuella toimineita. Kekkosen vastainen oppositio kaikkiaan hiljeni mutta ei etenkään lehdistössä kokonaan laantunut.

Noottikriisin jälkitilanteessa vuonna 1962 katsottiin tarpeelliseksi tehostaa Suomen ilmapuolustusta muun muassa kalustohankinnoin Neuvostoliitosta. Siinä yhteydessä kehittyi ongelma Pariisin rauhansopimuksen sotilasartiklojen tulkinnasta. Neuvostoliitto tarjoutui myymään Suomelle ilmatorjuntaohjuksia, kun taas Yhdysvallat halusi varmistaa pommikoneidensa lennot sotatilanteessa myös Suomen yli Venäjälle. Siksi se painosti rauhansopimuksen allekirjoittajamaata Englantia olemaan suostumatta sellaiseen sopimuksen uudelleentulkintaan, joka olisi sallinut ilmatorjuntaohjusten hankinnat.

Yhdysvaltojen kantaan vaikutti myös Novosibirskin ratkaisun jälkeen kasvanut epäluulo Kekkosta kohtaan. Nato-maiden piirissä vallitsi yleisemminkin käsitys, että hän oli salaisesti tehnyt Moskovan suuntaan myönnytyksiä, joista näyttönä olivat uudet aseostot Neuvostoliitosta. Niitä ei läntisten arvioiden mukaan voitu tehdä ilman poliittisia sitoumuksia.

Vuoden 1962 lopulla Suomen hallitus sai suostumuksen Pariisin rauhansopimuksen allekirjoittajamailta “puolustuksellisten ohjusten” hankintaan. Poliitikot ja lehdistö kommentoivat sitä Suomen puolueettomuuspolitiikalle annetuksi tunnustukseksi.

Ydinsodan uhka konkretisoitui Kuuban kriisin yhteydessä lokakuussa 1962. Vaikka kriisinhallinta lopulta toimi, ihmisten mieliin syöpyi käsitys ydinaseistuksen vaarallisuudesta.
Kasvaneen ydinaseuhan vuoksi Suomen puolustaminen tavanomaisin asein näytti käyvän entistä vaikeammaksi. Tämä johti uudelleenarviointeihin puolustusopin osalta ja myös ulkopoliittisiin toimiin ydinaseistuksen muodostaman uhkan vähentämiseksi.

Presidentti Kekkonen esitti keväällä 1963 Pohjolan ydinaseettomuuden vahvistamista erityisellä sopimuksella. Aloite Pohjolan ydinaseettoman vyöhykkeen muodostamiseksi pysyi sitten ulkopolitiikan asialistalla aina kylmän sodan lopulle saakka. Suomen hallitus alkoi vastustaa Naton hankkeita lisätä ydinaseistustaan ja jakaa sitä jäsenmaille käytettäväksi myös Pohjois-Euroopan suunnalla monenkeskisten ydinasevoimien (MLF) suunnitelman puitteissa.

Neuvostoliitossa vuoden 1964 syksyllä tapahtunut vallanvaihdos synnytti epävarmuutta Suomen hallituksen piirissä. Presidentti Kekkonen oli tottunut asioimaan Nikita Hrushtshevin kanssa, mutta hänen syrjäyttämisensä jälkeen ei ollut enää varmaa, että aikaisempia käytäntöjä voitaisiin jatkaa. Leonid Brezhnevin ja Aleksei Kosyginin nousu Neuvostoliiton johtoon ei kuitenkaan aiheuttanut perustavia muutoksia maiden välisiin suhteisiin.

Maanpuolustuksen alalla tärkein uudistus oli 1960-luvun puolivälistä alkaen toteutettu siirtyminen alueelliseen puolustusjärjestelmään. Maa jaettiin seitsemän sotilasläänin vastuualueisiin, joilla toiminta oli verraten itsenäistä. Näin parannettiin valmiutta yllätyshyökkäysten torjuntaan ja mahdollistettiin taistelujen käyminen maan eri osissa ilman mittavia joukkojen siirtoja.
Suhteet pohjoismaihin tulivat turvallisuuspolitiikan alalla entistä tärkeämmiksi. Tämä aiheutui erityisesti pohjoisten merialueiden merkityksen kasvusta suurvaltojen strategiassa. Ulkopoliittisesti Suomen hallitus pyrki järjestelyihin, jotka olisivat vähentäneet vaaraa Pohjolan joutumisesta sodan jalkoihin. Ruotsin kanssa tehtiin yhteistyötä lähinnä ilma- ja meripuolustuksen hankintojen lisäämiseksi, ja Norjaan suunnattiin tunnusteluja raja-alueen rauhoittamissopimuksen aikaansaamiseksi. Samalla myös Suomen Lapin puolustusta vahvennettiin, jotta naapurit eivät olisi pitäneet sitä sotilaallisena tyhjiönä.