Kylmän sodan päättymisen ja Saksan yhdistymisen myötä Itämeren sotilaspoliittinen tilanne muuttui täysin. Venäjä ei tarvinnut merta enää Saksaan suuntautuviin huoltokuljetuksiin, eikä sen taloudella ollut varaa ylläpitää suurta ja aivan joutilaaksi tullutta laivastoa Itämerellä. Mantereisen Venäjän puolustustarpeisiin riitti nyt kyky rannikoiden puolustamiseen.
Baltian maiden itsenäistymistä oli jo helpottanut erityisesti siellä ydinasepelotuksen osana olleiden pommikoneiden ja ohjusten eteentyönnettyjen tukikohtien tulo tarpeettomiksi, kun keskikantaman ydinaseiden poistamisesta sovittiin vuoden 1987 lopulla. Venäjän ilmapuolustuksella ei enää muutenkaan ollut entisenlaista tarvetta varautua Baltian maissa Itämeren yli itään suuntautuvien lentokoneiden torjuntaan.
Itämeren alueella kylmän sodan aikana olleita asevoimia supistettiin voimakkaasti. Nopeinta tämä kehitys oli alueen eteläosassa, kun Saksan yhdistymisen ja Varsovan liiton lakkauttamisen johdosta tarpeettomiksi tulleet suuret asevoimat vuosina 1990 – 1992 purettiin lähes kokonaan tai vedettiin kotimaihinsa. Itämeren pohjoisosissa tilanne muuttui selvästi hitaammin.