Potsdamin konferenssissa 17.7. – 2.8. ”Saksan kysymystä” käsiteltiin perusteellisesti. Keskeisistä miehityksen periaatteista kyettiin sopimaan, mutta monia käytännön ongelmia lykättiin päätettäväksi myöhemmin ulkoministerien neuvostossa tai aikanaan pidettävässä Saksaa koskevassa rauhankonferenssissa.

Saksalaisille annettiin julistus, jossa vakuutettiin, ettei tarkoitus ollut tuhota Saksaa tai sen kansaa, vaan auttaa sitä uuteen elämään. Saksaa oli määrä käsitellä kokonaisuutena joskin sotilashallinnon alaisena, samalla kun talous oli demilitarisoitava ja hajautettava useille eri omistajille purkamalla vanhat suuret yhtiöt.

Saksan yhteiskunta tuli puhdistaa natsismista, ja kolmannen valtakunnan johtajat oli määrä asettaa syytteeseen kansainväliseen sotilastuomioistuimeen. Sotakorvauksia saisi jokainen miehittäjävalta ottaa omalta alueeltaan, vaikkakin eräitä tasauksia piti tehdä Neuvostoliiton hyväksi.

Juutalaisten tuhoamisen paljastumisella oli dramaattiset vaikutukset amerikkalaisten saksalaisvastaisuuden voimistumiseen. Käytännössä se ilmeni jyrkkinä toimina saksalaisia sotavankeja ja väestöä vastaan. Yhdysvaltojen joukot saivat Washingtonista tiukat ohjeet, kuinka hallita valloitettua maata. Kaikenlainen veljeily kiellettiin.