Keväällä 1962 Neuvostoliitto tehosti Kuuban sotilasapua. Siihen liittyen pääministeri Nikita Hrushtshev hyväksyi suunnitelman keskikantaman ohjusten toimittamisesta Kuubaan. Niillä voitiin uhata Yhdysvaltojen itä- ja keskiosia. Siihen mennessä Neuvostoliitolla ei ollut vielä riittävästi mannertenvälisiä ohjuksia tai pommikoneita, jotka kykenivät hyökkäämään Amerikan mantereelle.
Yhdysvallat oli juuri sijoittanut tuliasemiin Turkkiin ja Italiaan keskikantaman ohjuksia, joilla voitiin nopeasti tuhota maaleja Moskovan tasalle saakka. Sijoittamalla ohjuksia Kuubaan Neuvostoliitto pyrki luomaan samanlaisen pelotteen Yhdysvaltoja vastaan.
Ensimmäisten joukkojen ja aseistuksen kuljetukset salattiin tehokkaasti. Ohjusasemien rakentaminen aloitettiin elokuussa 1962, ja tämän vaiheen salaaminen olikin jo vaikeampaa.