Puolustusvoimien rauhanajan organisaatio ja vahvuus määrättiin lokakuun lopulla annetulla LVK:n päätöksellä vastaamaan pääpiirtein tilannetta vuonna 1939. Lisäksi LVK määräsi suojeluskuntajärjestön lakkautettavaksi ja antoi ohjeita kotiutettavien joukkojen aseistuksen keräämisestä keskusvarikoihin.
Sodanajan puolustusvoimien kotiuttamisen suorituksesta vastasivat suojeluskuntapiirit, jotka suojeluskuntajärjestön lakkauttamisen yhteydessä muutettiin sotilaspiireiksi. Ne keskittyivät vast’edes vain kutsuntojen toimeenpanoon ja reserviläisten asioiden hoitamiseen. Yhdessä suojeluskuntien kanssa lakkautettiin myös niiden tukijärjestö Lotta Svärd.
Puolustusvoimista kotiutettiin 30.9 – 4.12.1944 yhteensä 430 000 sotilasta. Lisäksi raja- ja merivartiolaitokseen siirrettiin 4500 sotilasta. Sotavankeudesta palasi noin 2000 miestä.