Kun kommunistivalta oli kaadettu pienissä Varsovan liiton maissa vuoden 1989 lopulla, pidettiin jo selvänä, ettei sotilasliitto enää kauan jatkaisi toimintaansa. Liiton yhtenäisyyttä oli ylläpidetty paljolti kommunistipuolueiden verkoston avulla.
Neuvostoliitto alkoi vuonna 1990 vetää joukkojaan kotimaahan. Seuraavana vuonna ilmoitettiin virallisesti, että Varsovan liitto oli lopettanut toimintansa. Neuvostojoukkojen siirto kotimaahan kävi nopeasti Unkarista ja Tshekkoslovakiasta, mutta suurempien joukkojen ja varastojen evakuointi DDR:stä kesti huomattavasti kauemmin.