Kriisin aikana Yhdysvaltojen ja Neuvostoliiton johtajat olivat kirjeenvaihdossa ja diplomaatit neuvottelivat salaisesti. Asiaa käsiteltiin myös YK:n turvallisuusneuvostossa kiihkeäsävyisissä kokouksissa.
Neuvostoliitto perääntyi saatuaan amerikkalaisilta salaisen lupauksen vastavuoroisista toimista. Julkisuuteen levisi käsitys, että Yhdysvallat lupasi olla hyökkäämättä Kuubaan.
Salaisen sopimuksen mukaisesti Yhdysvallat ryhtyi muutaman kuukauden kuluttua poistamaan Turkkiin vasta keväällä sijoitettuja keskikantaman Jupiter-ohjuksia, jotka olivat olleet yhtenä syynä venäläisohjusten viemiseen Kuubaan.
“Kriisinhallinta” viime hetkessä onnistui, ja siinä käytettyjä menettelyjä alettiin pitää mallina, kuinka kireässä tilanteessa voidaan välttää suurvaltojen välisen sodan alkaminen. Myöhemmän tiedon mukaan tuo 13 päivää kestänyt dramaattinen kriisi ei ollut kovin hyvin hallinnassa, vaan suurvaltojen välisen sodan alkamisen vaara oli todellinen.