Radikaalit muslimit ja kilpailevat klaanit vastustivat marxilaisen hallinnon ajamia uudistuksia, jotka muun muassa sallivat naisten toiminnan opettajina. Iranin pappisvalta alkoi tukea muslimikapinallisia, jotka saivat haltuunsa laajoja alueita.
Kapinoinnin ja sisällissodan kiihtyessä vuonna 1979 hallitus pyysi Moskovalta entistä tuntuvampaa apua. Samalla kuitenkin Afganistanin hallinnon sisäinen valtakamppailu jatkui, joten Neuvostoliiton johtajat empivät ratkaisua. Asevoimien johto varoitti, ettei joukkoja pitäisi lähettää Afganistaniin, sillä maa oli vaikeasti hallittavissa. Sen sijaan KGB piti interventiota välttämättömänä.