Yhdysvaltojen lentotiedustelu paljasti tukikohtien rakennustyöt Kuubassa 14. lokakuuta 1962. Presidentti Kennedy kokosi heti kuvien tulkinnan jälkeen 16.10. kriisiryhmän, jossa lähipäivinä päätettiin vastatoimista.
Kennedyn puheenjohdolla pidetyssä kriisiryhmän kokouksessa vaati strategisten ilmavoimien komentaja kenraali Curtis Le May nopeaa hyökkäystä ohjusasemia vastaan jopa silläkin uhalla, että seurauksena olisi ydinsota. Kennedy vastusti ajatusta nopeasta hyökkäyksestä ja päätti toimeenpanna merisaarron. Silti myös hyökkäysvalmisteluja jatkettiin.
Kennedy julkisti tiedot ohjusasemista puheessaan 22. lokakuuta, julisti Kuuban merisaartoon ja vaati Neuvostoliittoa poistamaan ohjukset sotilaallisten vastatoimien uhalla.
Presidentin kriisiryhmässä pohdittiin edelleen hyökkäystä Kuubaan ja varauduttiin jopa ydinaseiden laajaan käyttöön. Merisaarto toteutettiin, ja Neuvostoliitto pysäytti kuljetuslaivat saartoalueen ulkopuolelle. Samalla kun Yhdysvaltojen hyökkäysvalmistelut jatkuivat, pyrittiin myös salaisesti neuvottelukosketukseen Neuvostoliiton kanssa.