Suunnitelmia laajamittaista sissisotaa varten tehtiin 1960-luvun alussa, mutta todettiin, ettei siitä saada pätevää ratkaisua Suomen puolustusongelmille. Vaikka maailmalla oli saatu kokemuksia sissisodan tehokkuudesta muun muassa Indokiinan sodassa 1950-luvun alkupuoliskolla, Suomen olosuhteet sekä ennen kaikkea turvallisuuspolitiikan päämäärät ja linjaukset poikkesivat suuresti siirtomaiden vapautustaisteluista.

Suomessa päädyttiin sen sijaan kehittämään alueellista puolustusjärjestelmää, joka oli yhdistelmä tavanomaisesta puolustuksesta ja hajautetusta, sissisodan aineksia sisältävästä toimintaperiaatteesta. Maa jaettiin vuonna 1966 seitsemän itsenäiseen taisteluun kykenevän sotilasläänin alueisiin. Ilma- ja merivoimat jäivät edelleen ylijohdon alaisiksi.